Nejpodstatnější částí jeho díla jsou spisy teologické a filosofické, hluboce ovlivněné věroukou Jednoty bratrské. Tyto spisy jsou v mnohém autobiografické nebo jsou inspirovány událostmi z Komenského života. Hlavním dílem filosofickým je De rerum humanarum emendatione consultatio catholica (Obecná porada o nápravě věcí lidských). Přestože nevytvořil žádný čistě beletristický spis, jeho díla mají pro svůj vytříbený jazyk mimořádnou literární hodnotu a patří k vrcholným dílům české literatury (zejména filozofická alegorie Labyrint světa a ráj srdce).

• Listové do nebe – Fiktivní dopisy chudých ke Kristu, stěžují si na bohaté. Kristus je utěšuje a kárá bohaté, všechny nabádá, aby zůstali poslušni božích zákonů. Toto dílo je výrazně ovlivněno myšlenkami Jednoty bratrské.
• Truchlivý – Zamyšlení nad rozporem rozumu a víry. Napsal je po smrti své první ženy a dětí.
• Via lucis (Cesta světla) – Zabývá se zde pansofií (vševědou). Byl toho názoru, že když u lidu zmizí nevědomost, války ustanou. Aby došlo k nápravě lidstva, vládnout by měl sbor mudrců. Pro lepší dorozumění mezi národy je třeba zavést novou řeč, které by všichni rozuměli. Latina je podle něj příliš těžká.
• Přemyšlování o dokonalosti křesťanské
• Hlubina bezpečnosti – Čím více se člověk vzdaluje od Boha, tím větší je jeho beznaděj.
• Kancionál – Sborník duchovních písní, české žalmy.
• Kšaft umírající matky Jednoty bratrské – Vyjadřuje víru, že se odkazu Jednoty ujme český a moravský lid. Postava matky je symbolem Jednoty bratrské, která je odsouzena k zániku, ale matka ve své závěti odkazuje hlavní myšlenky příštím generacím. (kšaft = závěť).
• Labyrint světa a ráj srdce – alegorický příběh. Vypravěč se ocitá v okrouhlém městě uprostřed nicoty, alegoricky představující svět. Jeho průvodci Všezvěd Všudybud a Mámení mu líčí krásy dobře jdoucího světa, poutník však vidí jen klam, marnost, faleš, bídu a smrt. Chce odtud utéci, ale nemá kam. Východisko ze zmatků tohoto světa nachází v otevření svého srdce, aby do něj mohl vstoupit Ježíš Kristus.